Dwa dni po pogrzebie ks. Jerzego Popiełuszki, 5 listopada 1984 r. papież Jan Paweł II zwracając się do Polaków podczas audiencji generalnej kolejny raz w przeciągu kilku dni wspomniał zamordowanego Kapłana. Mówił wówczas: „Ta śmierć jest także świadectwem. Modlę się za ks. Jerzego Popiełuszkę, jeszcze bardziej się modlę o to, ażeby z tej śmierci wyrosło dobro, tak jak z Krzyża Zmartwychwstanie. Temu już dawałem wyraz (…) i o to się modlę. Niech będzie ta śmierć źródłem nowego życia”.

Tego samego dnia, 5 listopada 1984 r. na ręce Prymasa Polski kard. Józefa Glempa złożona została pierwsza prośba o rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego ks. Popiełuszki. Podpisało się pod nią 178 pracowników Szpitala Ginekologicznego w Warszawie, którego kapelanem był ks. Jerzy.

To był początek drogi ks. Jerzego Popiełuszki na ołtarze.

W ślad za pierwszym pismem z prośbą o beatyfikację żoliborskiego Kapłana zaczęły napływać kolejne – 19 listopada 1984 r. z inicjatywą wszczęcia procesu beatyfikacyjnego zwrócił się do kard. Józefa Glempa bp Zbigniew Kraszewski, sufragan warszawski wraz z grupą 12 kapłanów diecezjalnych, a tydzień później – 456 studentów Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. W 1985 r. – niespełna rok po śmierci ks. Jerzego – bezpośrednio do Sekretariatu Stolicy Apostolskiej wpłynęło 13 940 imiennych próśb z 17 krajów o rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego ks. Popiełuszki.

Ojciec Święty Jan Paweł II podczas pielgrzymki do Polski w czerwca 1991 r. w homilii wygłoszonej we Włocławku nawiązał do życia i śmierci ks. Jerzego. Mówił wtedy: „Kulturę europejska tworzyli męczennicy trzech pierwszych stuleci, tworzyli ją także męczennicy (...) i u nas w ostatnich dziesiecioleciach. Tak tworzył ją ksiądz Jerzy. On jest patronem naszej obecności w Europie za cenę ofiary z życia, tak jak Chrystus. Tak jak Chrystus, jak Chrystus ma prawo obywatelstwa w świecie, ma prawo obywatelstwa w Europie dlatego, że dał swoje życie za nas wszystkich. Ma prawo obywatelstwa wśród nas i wśród wszystkich narodów tego kontynentu i całego świata, przez swój krzyż. (...) Trzeba go widzieć i czytać w całej prawdzie jego życia. Trzeba go czytać od strony tego wewnętrznego człowieka (...). Tylko ten właśnie człowiek wewnętrzny mógł być świadkiem, takim świadkiem naszych trudnych czasów, naszego ostatniego dziesięciolecia, jakim był” (7 czerwca 1991 r.).

W październiku 1994 r. przedstawiciele Służby Informacyjnej działającej przy kościele św. Stanisława Kostki na Żoliborzu przekazali Prymasowi Polski całą zgromadzoną dokumentację dotyczącą rozwoju kultu prywatnego ks. Jerzego Popiełuszki w Polsce i na świecie. Składały się na nią m. in.: księgi wpisów pielgrzymów przybywających do grobu ks. Jerzego, świadectwa o łaskach doznanych za jego przyczyną, napływające do parafii listy z prośbami o rozpoczęcie jego procesu beatyfikacyjnego oraz informacje dotyczące wydarzeń upamiętniających żoliborskiego Kapłana. Materiał ten, a także rękopisy ks. Jerzego, jego listy, maszynopisy i nagrania kazań, notatki oraz wszelkie artykuły prasowe o ks. Popiełuszce i inne dokumenty zbadała następnie powołana przez kard. Józefa Glempa w październiku 1995 r. Komisja ds. Przygotowania Procesu Beatyfikacyjnego ks. Jerzego Popiełuszki. Zespół teologów, którym kierował ks. prof. Ludwik Królik, przedłożył Prymasowi Polski pozytywną ocenę badanej dokumentacji. Na tej podstawie kard. Józef Glemp przedstawił Konferencji Episkopatu Polski do zaaprobowania wniosek o rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego, który biskupi pozytywnie zaopiniowali podczas zebrania plenarnego 3 października 1996 r.

Po uzyskaniu zgody Stolicy Apostolskiej na rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego ks. Jerzego Popiełuszki w Archidiecezji Warszawskiej, kard. Józef Glemp powołał na postulatora diecezjalnego procesu ks. infułata Zdzisława Króla, wikariusza biskupiego.

Pierwsza publiczna sesja rozpoczynająca w Archidiecezji Warszawskiej proces beatyfikacyjny ks. Jerzego Popiełuszki odbyła się 8 lutego 1997 r. w kościele św. Stanisława Kostki w Warszawie. Prymas Polski dokonał wówczas zaprzysiężenia Trybunału Beatyfikacyjnego. Przez cztery lata jego członkowie gromadzili i porządkowali dokumentację potwierdzającą męczeńską śmierć za wiarę ks. Jerzego. Przesłuchali w tym czasie 41 świadków. Efektem ich pracy był liczący 900 stron dokument zawierający m. in. opinie teologów i biegłych w sprawach archiwalnych i historycznych.

Diecezjalny etap procesu beatyfikacyjnego zamknięto 8 lutego 2001 r. podczas sesji w żoliborskim kościele św. Stanisława Kostki. Uczestniczyli w niej: kard. Józef Glemp, bp Piotr Jarecki i bp Tadeusz Pikus, 40 księży oraz dziesiątki pocztów sztandarowych z całej Polski. Obecna była także p. Marianna Popiełuszko – Mama, rodzeństwo i przyjaciele ks. Jerzego.

Akta procesu przekazane zostały do watykańskiej Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych, gdzie 3 maja 2001 r. rozpoczął się drugi etap procesu beatyfikacyjnego Sł. Bożego ks. Jerzego Popiełuszki. Pieczęcie na dokumentach beatyfikacyjnych przesłanych z Polski złamał Prefekt Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych kard. José Saraiva Martins w obecności abp. Edwarda Nowaka z Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych oraz ks. dr. hab. Zbigniewa Kiernikowskiego – rektora Papieskiego Instytutu Polskiego w Rzymie, pierwszego postulatora w rzymskim etapie procesu beatyfikacyjnego ks. Jerzego. Po nominacji ks. prof. Kiernikowskiego na biskupa siedleckiego nowym postulatorem został ks. dr Tomasz Kaczmarek z diecezji włocławskiej.

W 2002 r. Kongregacja Spraw Kanonizacyjnych wydała dekret stwierdzający ważność akt procesu beatyfikacyjnego ks. Jerzego. Od tego momentu trwały prace nad przygotowaniem dokumentu – tzw. Pozycji o Męczeństwie – prezentującego dowody na to, że śmierć zadana została z nienawiści do Kościoła i poniesiona była w obronie wiary i wartości religijnych. Udostępnienie archiwów służb specjalnych PRL umożliwiło odkrycie nowych dokumentów związanych z zabójstwem ks. Jerzego i – po dodatkowych wnikliwych badaniach – dostarczyło kolejnych, niezbitych dowodów jego męczeństwa za wiarę.

Liczącą 1157 stron druku oraz 16 stron dokumentacji fotograficznej pozycję o męczeństwie ks. Jerzego – „Positio super martyrio Servi Dei Georgii Popiełuszko, sacerdotis dioecesani, in odium fidei uti fertur interfecti (÷ 1984)” postulatora ks. dr Tomasz Kaczmarek złożył w czerwcu 2008 r. w Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych do dyskusji teologicznej.

Trzy miesiące później, we wrześniu 2008 r. przy grobie ks. Jerzego Popiełuszki modlił się obecny Prefekt Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych, abp Angelo Amato. Zwiedzając muzeum Sługi Bożego nie krył wzruszenia. W księdze pamiątkowej zapisał wtedy: Niech wielki świadek wiary, Jerzy Popiełuszko, będzie wzorem dla wszystkich młodych Polaków. Jego przykład niech żyje wciąż w naszych sercach... Muzeum obecnego Błogosławionego nawiedził ponownie w maju 2009 r., w towarzystwie kard. Williama Josepha Levady, Prefekta Kongregacji Nauki Wiary.

Papież Benedykt XVI, przychylając się do prośby Biskupów polskich i po konsultacji z Prefektem Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych, abp Angelo Amato w listopadzie 2008 r. podjął decyzję, by proces beatyfikacyjny ks. Jerzego Popiełuszki potraktować jako priorytetowy.

W rezultacie dyskusji teologicznej, która odbyła się w gronie Konsultorów Teologów Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych, a następnie w Komisji Kardynałów i Biskupów uznano, że ks. Jerzy Popiełuszko jest męczennikiem za wiarę.

19 grudnia 2009 r. papież Benedykt XVI podpisał Dekret o męczeństwie ks. Jerzego Popiełuszki. Był to jeden z 21 dekretów dotyczących beatyfikacji i kanonizacji, pozytywnie zaopiniowanych przez Kongregację Spraw Kanonizacyjnych, jakie przedstawił Ojcu Świętemu jej Prefekt abp Angelo Amato.