Msze św. za Ojczyznę w kościele p.w. św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu zainicjował ks. prałat Teofil Bogucki. W obliczu (…) wielkich wstrząsów, niepokojów, obaw i udręk, i w obliczu wielkiej odnowy, która szła szeroką falą przez kraj (…) zrodziła się myśl, aby w naszym kościele w każdą ostatnią niedzielę miesiąca (…) zanosić modły do Boga o pomyślność naszej Ojczyzny – mówił podczas Mszy św. odprawionej w niedzielę 22 lutego 1981 r. Była to pierwsza Msza św. w intencji Ojczyzny. Tłumaczył wówczas: Tylko przy pomocy modlitwy możemy w skomplikowanej sytuacji w kraju uczynić bardzo wiele: aby zwyciężyło dobro i rozsądek, aby zapanowała sprawiedliwość społeczna i poszanowanie człowieka, ład i pokój wewnętrzny, który zabezpiecza byt i wolność Ojczyzny.

W 1982 r. ks. prałat Bogucki przekazał odprawianie Mszy św. za Ojczyznę ks. Jerzemu Popiełuszce, który w tę gorącą narodową modlitwę włączał cierpienia wszystkich ludzi, którzy byli prześladowani, dręczeni i niszczeni przez system totalitarny. To jest zasadniczy cel – mówił – by te cierpienia, których ludzie doznają każdego dnia w pracy, w więzieniach, na ulicy, by to nie było zmarnowane. To jest rola księdza, by te cierpienia Narodu poprzez ofiarę Mszy św. skierować w stronę Boga, by Bóg mógł je zmieniać na łaski potrzebne do umocnienia nadziei, do trwania w dobrych postanowieniach, do rozszerzania braterstwa i solidarności miedzy ludźmi.

Mszę św. za Ojczyznę rozpoczynał zwykle śpiew Chrystus Wodzem, Chrystus Królem... Na zakończenie śpiewano natomiast popularną wówczas pieśń: Ojczyzno ma, tyle razy we krwi skąpana... i hymn Boże coś Polskę. Wielu ludzi unosiło wtedy palce w kształcie litery „V” symbolizującej zwycięstwo, ale bł. ks. Jerzy prosił, by zamiast tego gestu podnosić krzyż – znak Chrystusowego zwycięstwa, bo – jak mówił – przez krzyż idzie się do zmartwychwstania. Innej drogi nie ma (26.09.1982 r.).

Bł. ks. Jerzy mówił w kazaniach o godności i prawach człowieka, o wolności, jaką został obdarzony przez Boga i którą trzeba budować – solidarnie – nie siłą, ale poprzez dobro, prawdę i miłość. Przypominał rocznice historycznych wydarzeń, które kształtowały tożsamość narodową. Często przywoływał słowa kard. Stefana Wyszyńskiego i papieża Jana Pawła II. Były to proste, zrozumiałe dla wszystkich i odnoszące się do realiów życia wykłady nauki społecznej Kościoła.
W jednym z wywiadów mówił: W kazaniach mówię o tym, o czym ludzie myślą i co mówią mi – często bardzo osobiście, bo często nie mają odwagi czy możliwości, by wypowiedzieć się głośno. (…) Wypowiadam to, co czują i myślą. O tym, jak to jest niezbędne świadczy wiele nawróceń. Ludzie po wielu latach, często po kilkudziesięciu nabierają odwagi, by przyjść do mnie i prosić o pojednanie z Bogiem, o spowiedź, o Komunię św. Jest to przeżycie i dla mnie, jako księdza i dla tych ludzi również. (…) Bardzo często proces na postawy nawracania się i powrotu do Boga, do Kościoła, czy w ogóle odnalezienia Boga zaczyna się od przyjęcia postawy patriotycznej. (…) Dostaje masę listów, w których ludzie piszą, że comiesięczne spotkania na Mszy św. za Ojczyznę pomagają im uwalniać się od nienawiści, jaka mimo woli w ludziach narasta.

Bł. ks. Jerzy zawsze dbał o godną, staranną oprawę artystyczną liturgii. Zapraszał aktorów scen warszawskich, którzy czytali lekcje z Liturgii Słowa, a po Komunii św. – patriotyczne wiersze Juliusza Słowackiego, Zygmunta Krasińskiego, Marii Konopnickiej. Do tematów kazań zawsze nawiązywały dekoracje w prezbiterium.

Ks. Jerzego słuchali robotnicy i profesorowie. Na Mszę św. w intencji Ojczyzny przyjeżdżali ludzie z całej Polski. Tu, zasłuchani w proste słowa i myśli wypowiadane przez ks. Jerzego, odzyskiwali wewnętrzny spokój, nadzieję, wyciszali się. Tu – jak wspominał w jednym z wywiadów bł. ks. Jerzy – ludzie wylewają swój żal, swój ból w modlitwie, w spontanicznym śpiewie i w milczeniu, które również jest jakąś wielką modlitwą…

Władze komunistyczne uważnie obserwowały Msze św. w intencji Ojczyzny odprawiane na Żoliborzu. Wkrótce zarzuciły bł. ks. Jerzemu, że organizuje w kościele św. Stanisława Kostki w Warszawie uroczystości polityczne, godzące w zasady ustroju oraz zagrażające bezpieczeństwu i porządkowi w stolicy – „seanse nienawiści”. W gęstniejącym z miesiąca na miesiąc tłumie wiernych modlących się na Mszach św. w intencji Ojczyzny obecni byli zawsze agenci służb bezpieczeństwa, gotowi do prowokacji i wywołania zamieszek wśród rozmodlonego tłumu.
Ks. Jerzy stał się dla komunistycznych władz politycznym wrogiem, którego należało bezwzględnie zneutralizować. Dlatego rozpoczęły akcję szeroko zakrojonego nękania go i systematycznej inwigilacji, a także usiłowały wywierać naciski na warszawską Kurię, aby ograniczyła działalność ks. Popiełuszki.