W piątek, 19 października 1984 r. ks. Jerzy zaproszony był do Bydgoszczy, do parafii p.w. Świętych Polskich Braci Męczenników, na spotkanie modlitewne w Duszpasterstwie Ludzi Pracy. Odprawił tam Mszę św., ostatnią – jak się potem okazało – w swoim życiu. Nie wygłosił kazania, ale po Mszy św. poprowadził rozważania bolesnych tajemnic Różańca św. Mówił wtedy: Tylko ten może zwyciężać zło, kto jest sam bogaty w dobro, kto dba o rozwój i wzbogacenie siebie tymi wartościami, które stanowią o ludzkiej godności dziecka Bożego. (…) Zwyciężać zło dobrem to zachować wierność prawdzie. Rozważania zakończył zdaniem: Módlmy się, byśmy byli wolni od lęku, zastraszenia, ale przede wszystkim od żądzy odwetu i przemocy.

Ks. Jerzy nie chciał zostać na noc w Bydgoszczy, mimo nalegań gospodarzy. Postanowił wracać wieczorem do Warszawy. W sobotę o ósmej rano miał odprawić Mszę św. w kościele św. Stanisława Kostki.

Na drodze do Torunia, niedaleko miejscowości Górsk, samochód ks. Popiełuszki, prowadzony przez Waldemara Chrostowskiego, został zatrzymany przez umundurowanych milicjantów ruchu drogowego. W rzeczywistości byli to funkcjonariusze Służby Bezpieczeństwa. Waldemar Chrostowski został zmuszony do oddania kluczyków od auta i przejścia do milicyjnego Fiata 125p, gdzie skuto go kajdankami. W tym czasie Grzegorz Piotrowski i Waldemar Chmielewski chwycili ks. Jerzego za rękawy sutanny i wyciągnęli z samochodu. Ogłuszyli go silnym uderzeniem w głowę, zakneblowali usta i wrzucili do bagażnika. Szybko odjechali. W czasie jazdy Waldemar Chrostowski wyskoczył z pędzącego samochodu i natychmiast zaczął szukać pomocy.

Dalszy bieg wydarzeń, które nastąpiły tej nocy, znany jest jedynie z zeznań zabójców i wyników sekcji zwłok ks. Jerzego. Przez cały czas po porwaniu ks. Popiełuszko przewożony był w zamkniętym bagażniku Fiata 125 p. Miał związane ręce i nogi oraz usta zakneblowane kawałkiem ręcznika, a następnie zalepione plastrem o szerokości 5 cm, dwukrotnie owiniętym wokół głowy. Na szyję w trakcie tortur założono mu pętlę ze sznura, którego końce zawiązano na podkurczonych z tyłu nogach. W ten sposób, przy próbie ich prostowania, sznur naprężał się i pętla zaciskała się na szyi. Do nóg ks. Jerzego oprawcy przywiązali ważący ok. 11 kg worek z kamieniami.

Przed Toruniem funkcjonariusze SB zauważyli, że pokrywa bagażnika zaczyna się wyginać. Zjechali więc w leśną drogę, wyciągnęli ks. Jerzego z bagażnika i bili go do utraty przytomności. Prawdopodobnie wtedy związali go tak, aby uniemożliwić mu jakiekolwiek ruchy. Ponownie zatrzymali się pod Włocławkiem, w połowie tamy na Wiśle. Tam wszyscy trzej: Grzegorz Piotrowski, Waldemar Chmielewski i Leszek Pękala wyciągnęli z samochodu skatowanego ks. Jerzego i w zawiązanym foliowym worku wrzucili go – między czwartym a piątym filarem zapory – do Wisły.

Wiadomość o porwaniu ks. Jerzego dotarła do parafii św. Stanisława Kostki na drugi dzień rano, w sobotę 20 października. Oficjalny komunikat o uprowadzeniu kapłana podano dopiero w wieczornym wydaniu „Dziennika Telewizyjnego”. Krótko po nim w kościele na Żoliborzu zgromadziło się kilka tysięcy ludzi. O godz. 22.00 modlili się podczas Mszy św. odprawionej w intencji szczęśliwego powrotu ks. Jerzego. Przez kolejne dni w kościele św. Stanisława Kostki trwało całodobowe modlitewne czuwanie. Tymczasem komunistyczne władze rozpoczęły śledztwo w sprawie uprowadzenia ks. Popiełuszki i jego poszukiwania.

W Watykanie, podczas audiencji generalnej 24 października papież Jan Paweł II zwracając się do Polaków odniósł się do kwestii porwania ks. Jerzego. Mówił: Przejęty do głębi tym wydarzeniem wyrażam moją solidarność z Pasterzami i Ludem Bożym Kościoła Warszawskiego. Podzielam słuszny niepokój całego społeczeństwa wobec tego nieludzkiego czynu, który jest wyrazem przemocy dokonanej na kapłanie oraz pogwałceniem, oczywiście, godności i niezbywalnych praw osoby ludzkiej. Apeluję do sumień tych, którzy dopuścili się tego haniebnego czynu i ponoszą zań odpowiedzialność. Was, drodzy Bracia i Siostry, proszę, abyście złączyli się ze mną w modlitwie o rychłe uwolnienie ks. Popiełuszki i jego powrót do pracy duszpasterskiej.

30 października podano informację o odnalezieniu w Zalewie Wiślanym ciała ks. Popiełuszki. Następnego dnia, Jan Paweł II podczas audiencji generalnej mówił do Polaków: Włączmy w naszą modlitwę w szczególności osobę tego Kapłana, którego śmierć wstrząsnęła opinią i sumieniami ludzi w Polsce i na całym świecie (…) Niech wielka moralna wymowa tej śmierci nie zostanie niczym zakłócona, ani przesłoniona.

2 listopada w białostockim Zakładzie Medycyny Sądowej odbyła się identyfikacja zwłok ks. Jerzego, w której uczestniczyli kapłani wydelegowani przez Warszawską Kurię Metropolitalną. Obecny wówczas ks. prałat Grzegorz Kalwarczyk wspominał potem: Całe ciało i twarz robiło wrażenie posiniaczonego. (…) Włosy były zmierzwione i, zdaje się, dużo rzadsze niż za życia. Ks. Kalwarczyk przytaczał też słowa obecnego przy oględzinach lekarza: Stwierdził – relacjonował obecny Kanclerz Kurii Warszawskiej – że w swojej praktyce lekarskiej nigdy nie dokonywał sekcji zwłok, które wewnętrznie byłyby tak uszkodzone, jak było to w przypadku wnętrza ciała ks. Jerzego Popiełuszki.

Wieczorem 2 listopada trumna z ciałem ks. Jerzego przywieziona została do kościoła św. Stanisława Kostki na Żoliborzu. Oczekiwały nas dziesiątki tysięcy ludzi – wspomina obecny w ostatniej drodze ks. Jerzego do Warszawy ks. prałat Grzegorz Kalwarczyk, który przewodniczył następnie wieczornej Mszy św. koncelebrowanej w żoliborskiej świątyni przez ponad dwudziestu kapłanów.

Pogrzeb ks. Jerzego Popiełuszki odbył się 3 listopada. Uczestniczyły w nim setki tysięcy ludzi z całej Polski. Ks. prałat Teofil Bogucki, żegnając ks. Jerzego mówił nad jego trumną: Ziemia polska otrzymała nowego bohatera narodowego i nowego męczennika. Na taki pogrzeb, z udziałem Kardynała Prymasa, Biskupów i nieprzeliczonej rzeszy wiernych zasługuje tylko człowiek wielki lub święty. Ocenę zostawiamy Najwyższemu Bogu…

---

W grudnia 1984 r., niespełna miesiąc po pogrzebie, rozpoczął się w Toruniu proces zabójców ks. Jerzego Popiełuszki. Władze starannie wyreżyserowały jego przebieg. Dwa miesiące później sąd wydał wyrok skazujący Grzegorza Piotrowskiego i Adama Pietruszkę na 25 lat pozbawienia wolności, Leszka Pękalę na 15 lat pozbawienia wolności, a Waldemara Chmielewskiego na 14 lat więzienia. Skazanych dwukrotnie objęto amnestią. Opuścili więzienie – żyją na wolności. Proces nie odpowiedział jednak na zasadnicze pytanie: kto wydał rozkaz zamordowania ks. Jerzego? Do dziś nie znamy na nie odpowiedzi.